En 1.801 els exèrcits de Napoleó, que durant diversos anys es van dedicar a l’espoli de bona part del patrimoni artístic, es van portar l’antic botafumeiro de plata de la Catedral.

Segueix la decadència, tan és així, que el 25 de juliol de 1.878, dia de Jaume, amb prou feines hi ha 45 pelegrins en la Catedral.

Molts anys després, concretament en 1.878, el Cardenal Payá va ordenar efectuar unes excavacions en l’altar major de la Catedral de Santiago descobrint un sepulcre amb tres cossos. El Papa León XIII, any 1.884, en la “Butlla *Deus *Omnipotens”, confirma que els cossos són de l’Apòstol i dos dels seus deixebles Teodoro i Atanasio.